本发明涉及空间探测技术领域，特别涉及一种触碰式柔顺小天体采样系统及采样方法。包括星体平台及设置于星体平台上的主控制器、样品存储系统、监视系统、柔顺机械臂及工具库；样品存储系统用于样品的储存和密封；监视系统用于获取卫星与小天体之间的相对距离信息、倾角信息、小天体地形条件和星壤颗粒状态及监视采样过程，并将获取信息发送给主控制器；自适应关节用于安装工具头；采样工具库用于安装工具头；主控制器用于接收监视系统发送信息，并根据接收的信息控制柔顺机械臂拾取对应的采样工具，进行采样。本发明能够解决采样过程控制、复杂地形适应性、样品密封返回等难题，达到小天体自主、安全、高效样品采集和密封返回的目的。