本发明属于裂缝修复相关技术领域，其公开了一种高耐受度的环保微生物改性剂及其制备方法和应用，方法包括：将巴氏芽孢杆菌或上一代细菌菌液富集培养后的细菌悬浮液进行离心处理获得细菌沉淀物和细菌上清液；将部分细菌沉淀物依次进行破胞处理和离心处理，得到破胞液；将细菌上清液、另一部分细菌沉淀物以及破胞液混合得到菌酶混合物；在液体培养基中接种菌酶混合物，培养后获得细菌菌液；将细菌菌液与第一浓度尿素混合得到试剂A液；将钙源溶液和第二浓度尿素混合得到试剂B液。本申请可以应用于盐碱地等微生物生长环境较为恶劣的工程体修复，裂隙修复效果显著提升，具有良好的应用前景。