本发明公开了一种基于压缩感知的导频优化方法及系统，通过自定义协方差矩阵来反映测量矩阵中任意两列元素的相关性，并在自定义测量矩阵的基础上重新定义互相关准则，得出了互相关值计算模型，用来计算测量矩阵中任意两列的互相关值，从而能够定量地评价测量矩阵中任意两列的相关性大小。并且，通过两两比较互相关值大小的方式，用相对更小的互相关值对应的导频位置索引来替换相对更大的互相关值对应的导频位置索引，以此保证最终保留下来的互相关值即为最小互相关值，其对应的导频位置索引即为最佳导频位置索引。通过迭代的方式不仅收敛速度快，且能够准确地得到相对更小的互相关值及其对应的导频位置索引。