本发明提供了一种热插拔数据传输方法及装置，该方法包括判断是否产生存储单元插拔动作；根据判断结果，进行链路重新建立或进行数据传输；根据上一步骤的结果，进行数据传输；该装置包括采集单元，用于进行数据采集；存储单元，用于对采集单元采集的数据进行存储，与采集单元连接；处理单元，用于根据存储单元的状态进行链路建立，分别与采集单元和存储单元连接；本发明提出的热插拔数据传输方法及装置能够在不需断电重新上电中断采集板卡其他业务的前提下，快速建立链路，恢复数据传输，且保证数据完整性。