本发明提供一种叶片生理生化指标高通集成测定方法及系统，该方法包括对所述叶片进行预处理，其中所述预处理包括：黎明前剪取完整的待测叶片；将所述待测叶片底部置于无气泡的蒸馏水中进行标记、切割以得到目标叶片；将目标叶片底部置于装满蒸馏水的离心管中，利用植物生长灯进行诱导，在预处理之后测量叶片的气体交换与叶绿素荧光、叶片高光谱反射率、相对叶绿素含量、厚度、比叶面积、气孔密度、叶片氮含量、叶片碳含量等指标。本发明克服了野外胁迫田间下传统测量生理生化指标中操作复杂、环境变异性大、测量耗时长等缺点，实现对叶片生理生化指标的高通量、系统性和可靠性测量。