本发明适用于水质监测技术领域，提供了一种生态水质监测分层取样装置，包括：运载船体以及设置于运载船体上的驱动仓；至少一组取样机构，所述取样机构设置于所述运载船体上；其中所述取样机构包括进水组件、牵引组件、取样囊、水泵、第一伸缩管、以及导向板，所述取样囊与所述水泵的输出端相连接，所述进水组件包括上安装板、下安装板、下沉囊以及第二伸缩管，所述上安装板和所述下安装板分别设置于所述下沉囊两端，所述上安装板上设置有用于连接水泵输入端的取样管，所述下安装板上还设置有用于连通下沉囊的进水端口，所述第二伸缩管设置于所述下沉囊内，本发明结构创新，便于在户外进行分层取样。