本申请涉及一种混行交叉口网联自动专用道布设方案评价方法和系统，通过相关数据，网联自动专用道、人工车道和每个进口方向混行车道的通行能力，基本冲突集合、每个进口方向左冲突集合和右冲突集合，构建一套以交叉口最大通行能力为目标，考虑网联自动专用道布设方案的通用渠化配时协同优化模型；再根据每种专用道布设方案和第一冲突集合，获得相应方案下的第二冲突集合和总车道集合，根据第二冲突集合和总车道集合修改通用渠化配时协同优化模型中的相应参数，获得每种布设方案的渠化配时协同优化模型，协同优化相应方案下的车道渠化方案以及信号配时方案，解决了当路段布设网联自动专用道时，现有的车道渠化方案和信号配时方案不再适用的问题。