本发明公开了一种长期实时的沉积物耗氧速率原位测量装置及方法，包括设于水面的浮标和设于水下的测量框架，所述测量框架上设有可竖向移动的升降平台，所述升降平台上安装有旋转电机，所述旋转电机输出端设有声学多普勒流速仪和溶解氧梯度采集仪，所述声学多普勒流速仪表面还固定设有自适应导流板；本发明能够在测量过程中有效调整声学多普勒流速仪的观测高度和观测角度，实现了沉积物耗氧速率的长期原位观测。