本发明公开了一种站用蓄电池智能直流电源系统，包括为直流母线充电的充电机组，充电机组并联有作为备用电源的蓄电池组，还包括控制器和设置在直流母线上的第一断路器，充电机组包括第一充电机组、第二充电机组和第三充电机组，蓄电池组包括第一蓄电池组和第二蓄电池组；第一充电机组与第一直流母线连接，第二充电机组与第二直流母线，第三充电机组与第一直流母线及第二直流母线均连接，第三充电机组连接有能量回馈单元，能量回馈单元与第一蓄电池组及第二蓄电池组连接；控制器还连接有监测单元。还公开了基于上述直流电源系统的控制方法。应用本发明能够解决蓄电池组在一些情况下无法起到备用电源的作用而导致断电的问题。