本发明涉及基于生物分子的量子点计算机系统，所述系统包括生物分子运算器、生物分子控制器、生物分子存储器、生物分子指令集组件、生物分子量子点计算机总线和生物分子量子点计算机I/O接口；生物分子运算器，包括多个可进行并行运算的生物分子运算器单元，内部有大量的DNA分子、RNA分子、蛋白质分子和酶，以生物分子的物理态或化学态作为量子态，通过生物分子的生物化学反应、聚合酶链式反应和基因调控实现可逆的量子计算和并行运算。本发明利用生物分子物理态或化学态的双向变迁，实现量子信息的计算和存储，耗电更低，发热量小，计算速度快，存储容量大，还能够利用生物分子化学反应自动检测故障、自动定位、自我复制和修复故障部件。