本发明公开了一种智能心音听诊辅助心脏疾病诊断系统及辅助诊断方法，包括心音信号采集模块、声电换能模块、放大器模块、显示器模块、智能诊断模块、打印模块和远程传输模块。心音信号采集模块在心脏的听诊区独立采集信号，采集的心音信号通过声电换能模块转换成电信号；电信号通过放大器模块后进行放大降噪处理，得到电信号波形，智能诊断模块通过采集大量正常与各种心脏疾病的信号进行机器学习，得到一组智能算法，根据电信号波形进行辅助诊断，打印模块可对波形进行打印，通过远程传输模块进行远程传输，实现远程监测。本发明可以采集细微的心音信号并智能给出诊断意见，帮助医生进行诊断，消除因经验缺乏造成的漏诊。