本发明公开了一种燃料电池电压巡检系统，包括主控制模块和若干个从控制模块：主控制模块和每一个从控制模块都电连接有一低压电源模块；所述的主控制模块包括主控芯片、主CAN通讯芯片、主隔离CAN通讯芯片、主隔离SPI通讯芯片、主电压采集芯片、主光继电器、主低压电源供电模块和主隔离供电芯片。本发明采用模块化制造的方式，降低成本，组合方式灵活多变，电压巡检方案采集通道数量匹配更加灵活，可以通过增加或者减少从模块数量实现采集通道数的增加或减少，提高了客户匹配度和通道灵活度。