一种基于磁致能级跃迁的碱性电解水制氢系统及方法，包括电解槽、氢分离器、氧分离器、换热器、循环装置、冷凝器和气液分离器和磁致能级跃迁装置，该磁致能级跃迁装置的出液口与电解槽连通，该磁致能级跃迁装置的进液口与循环装置的出液口连通，循环装置内的液体经磁致能级跃迁装置处理后进入到电解槽内。本发明创新性地采取磁致能级跃迁的方式，通过施加强磁场使电解液中氢质子发生磁致能级跃迁，提高电解液活性，解决现有技术方案难以提高制氢能效以及效果不稳定的问题。同时本发明无需对已有电解水制氢设备的电解槽内部结构进行重大改装，布置方便快速，具有极大的应用潜力。