本发明公开了一种可促进内源性骨再生的生物材料及其制备方法和应用，所述生物材料为磷脂酰丝氨酸修饰的水凝胶，所述生物材料的制备方法包括以下步骤，S1：使用磷脂酰丝氨酸和壳聚糖制备天然磷脂酰丝氨酸修饰壳聚糖；S2：使用天然磷脂酰丝氨酸修饰壳聚糖制备捕获外泌体特性的水凝胶；S3：将捕获外泌体特性的水凝胶进行脱水塑形，得到可促进内源性骨再生的生物材料。本发明通过在水凝胶表面修饰天然磷脂酰丝氨酸，得到的生物材料具有高效捕获细胞外泌体，同时缓释给迁移至该材料内部的干细胞的能力；将其用于促进动物体内骨缺损再生修复，可快速促进内源性干细胞迁移至缺损部位，快速诱导血管生成，从而促进原位大范围骨缺损的再生。