本发明提供一种中草药微生物发酵制剂及其制备方法，属于中药发酵技术领域，包括以下步骤：将中草药组合物破碎混合，加水调整湿度后接种第一复合发酵菌进行发酵培养，制得固态发酵产物；以所述固态发酵产物为原料，通过溶剂提取法制得中药提取液；以所述中药提取液为发酵基质，接入第二复合发酵菌进行发酵培养，制得所述中草药微生物发酵制剂。本发明通过二次发酵，将固体发酵和液体发酵结合，使得有效物质较易溶出，也降低了提取液对后期发酵的生长抑制，再以提取液作为二次发酵基质，使得其中的中药有效成分、活性物质被最大限度的提取并高效地被人体吸收利用。