本发明提供了一种生物防治刺激隐核虫病的网箱套养方法，所述网箱由上到下依次分为第一养殖区和第二养殖区，且所述第一养殖区与所述第二养殖区之间通过网衣间隔开来；将经济鱼置于所述第一养殖区内养殖，所述经济鱼的养殖密度为7‑10尾/m³，将食藻鱼置于所述第二养殖区内养殖，所述食藻鱼的养殖密度为7‑10尾/m³。本发明提供一种生物防治刺激隐核虫病的网箱套养方法，其根据刺激隐核虫生活史有在鱼体上寄生的滋养体，也有脱离鱼体的胞囊的生物特性，通过套养食藻鱼不断清除网衣附着的藻类，使脱离的包囊落入海底，实现切断隐核虫的生活史达到生物防治的技术效果，增加鱼类养殖的经济效益。