本发明公开一种基于深度学习的档案扫描件图像自动纠偏方法，首先，通过亮度矫正和扫描件主成分检测，获得主成分区域图像，减少扫描件图片黑白边缘和亮度变化对后续纠偏估计的影响；然后设计两阶段的纠偏策略，第一阶段利用深度学习进行4个方向的纠偏(大方向纠偏)；第二阶段进行小纠偏，小纠偏分两种方式进行，第一种是基于91个方向的深度学习方式，第二种是基于像素投影方式，通过对两种小纠偏结果的综合判决，完成小纠偏，得到纠偏后的结果。系统包括：候选区域选取模块、主成分检测离线训练模块、深度学习纠偏离线训练模块、两阶段图像纠偏模块。本发明设计了主成分检测和两阶段纠偏，结合深度学习技术，相对于现有算法取得了更高的精度。