本发明提供了一种两色金鸡菊治疗糖尿病差异代谢物代谢通路的研究方法，包括：采用超高效液相色谱串联质谱检测分析高脂高糖饲料联合小剂量链脲佐菌素诱导雄性SD大鼠形成2型糖尿病及应用两色金鸡菊干预8周后的尿液内源性代谢产物，获得色谱图；利用多元变量统计分析方法，经过一系列降维，从多个变量中筛选并鉴定出31个发生显著变化的内源性代谢物；并通过MetaboAnalyst开源在线代谢组学分析网站，富集得到与两色金鸡菊治疗2型糖尿病大鼠相关的重要代谢途径。本发明利用代谢组学的分析方法研究两色金鸡菊治疗2型糖尿病过程中相关的代谢变化，有助于阐明在治疗2型糖尿病的过程中两色金鸡菊所调控的相关代谢物及异常代谢网络。