本发明提供了操作系统安全路由处理方法和系统，其在多域隔离操作系统的共享内存空间设置安全分区内存空间，并根据多域隔离操作系统中每个域操作系统当前各自的任务运行负载信息，确定每个域操作系统与安全分区内存空间之间的允许连接持续时间；并且通过虚拟消息路由将来自域操作系统的访问请求发送至虚拟安全控制器中进行安全验证，当确定域操作系统具备对安全分区内存空间的访问权限时，对安全分区内存空间进行内存数据隔离处理，同时形成相应的域操作系统内存访问日志信息，这样通过对访问申请进行安全验证以此保证所有域操作系统能够有序安全的访问安全分区内存空间以及提高内存空间的数据安全性。