本发明公开了一种环境影响评价文件管理系统，包括文件管理服务器，文件管理服务器包括：环评数据库，用于存储环境影响评价数据，环境影响评价数据至少包括环境影响评价文件；数据分类模块，对环境影响评价文件进行分类；环境影响评价文件评级模块，按照环境影响评价文件记载的内容的重要性对环境影响评价文件进行重要性评价；环境影响评价文件加权模块，其基于重要性评价得分和危害性评价得分计算环境影响评价文件的综合可用性；环境影响评价文件标记模块，其将获得的重要性评价得分、危害性评价得分、综合可用性得分标记到对应的环境影响评价文件上；本发明能够对环境影响评价文件进行合理的分类以及评价管理，有效的提高了文件利用效率。