本发明涉及一种控制系统用户程序逻辑在线验证方法及系统，方法包括控制系统采集与控制系统连接的多个现场仪表的信号，根据程序逻辑针对现场仪表的信号进行逻辑运算，获取运算结果并将该运算结果传输至相应的执行机构；预先设定的第一程序逻辑包括运算逻辑内容和第一标识；包括：获取用户输入的虚拟的信号值；调取与预先设定的第一程序逻辑相应的预先设定的第二程序逻辑；基于用户输入的与现场仪表对应的虚拟的信号值和所述第二程序逻辑，获取用户输入的与现场仪表对应的虚拟的信号值的相应的第二运算结果；根据所述第二运算结果，确定所述预先设定的第一程序逻辑和第二程序逻辑的运行状态。