本发明提供一种红外双站标校方法及标校系统，标校方法包括：分别通过第一标校组件和第二标校组件根据卫星定位信号解算出差分位置信息；第一标校组件的主机根据第一差分位置信息和第二差分位置信息，解算出双站基线长度和双站相对位置数据，发送给主站；主站根据所述双站基线长度和双站位置数据，解算出主站瞄向辅站的转台方向角、主站的转台舷角零度与正北向的夹角，并发送给辅站；辅站根据所述主站的转台舷角零度与正北向的夹角设置转台方位角零位，使得辅站与主站的转台方位角一致。本发明具有定位精度高、环境适应性好等优点，且配置和算法实现简单，操作简便，极大提升了用户使用体验，满足红外探测系统双站快速标校的需求。