本发明属于气液分离器设备技术领域，尤其是一种甲醇燃料电池的气液分离器的去水机构，包括管体，所述管体的顶部通过螺钉螺纹连接有上盖座，所述管体的底部通过螺钉螺纹连接有下盖座。该甲醇燃料电池的气液分离器的去水机构，通过设置气液分离机构达到了尾气进入到管体的内部，通过螺旋片进行控制气体螺旋运动产生离心力，使之气液分离，分离出来的液体在自重的条件下经过输液管排出，气体经过下盖座内部的防回流，从进气孔流入到气管的内部，进行排放的效果，通过设置吸收机构达到了气体经过排气管排出气体流入到吸收管的内部，进行再一次干燥剂吸收内部的水分，增强气液分离的效果，避免现有的去除不彻底的效果。