本发明公开了一种带有清理机构的深海网箱，包括箱体，所述箱体顶部靠近四角处安装有连接件，所述箱体内腔靠近左右两侧处均安装有养殖网，两个所述养殖网相远离一侧均设有清洁刷，所述箱体左右两侧均设有电机，所述电机靠近箱体的一侧固定连接有侧块，所述侧块远离电机的一侧开设有侧槽，所述侧槽内腔设有连接机构，通过设置有清洁刷、转杆和侧块等一系列部件之间的配合使用，使得本发明能够对养殖网进行清洁操作的同时，避免对清洁网进行堵塞操作；通过设置有侧块、侧槽和螺杆等一系列部件之间的配合使用，使得本发明能够便捷的对清洁刷的位置进行调节，进一步使得本发明使用效果好。