本发明提供一种捕获循环肿瘤细胞的微流控芯片及其制作方法，包括第一基板和第二基板，第一基板覆盖在第二基板上，第一基板和第二基板之间开设有微流道，微流道两端开设有进液口和出液口，含有循环肿瘤细胞的溶液自进液口流入微流道后从出液口流出；在微流道内，第二基板上形成有纳米森林结构，纳米森林结构由多个表面带有凹槽的立柱组成，立柱表面修饰有纳米抗体，且凹槽用于容置纳米抗体，纳米抗体用于与循环肿瘤细胞特异性结合。表面带有凹槽的纳米森林结构可以增加第二基板上的比表面积，使得第二基板上可以修饰更多的纳米抗体，以此提高纳米抗体捕获循环肿瘤细胞的效率。