本发明提出了一种基于容器云平台的微服务配置系统及方法，系统包括：管理服务模块和配置代理服务模块，管理服务模块用于获取目标环境的配置信息，配置代理服务模块与管理服务模块通信连接，以获取目标环境的配置信息，并自动将配置信息注入到启动脚本命令中，完成微服务目标环境配置。本发明通过增加配置代理和配置管理服务，可以安全而快速完成容器云环境下微服务配置的自动注入，通过自动化注入相关配置，自动化重新生成微服务的启动命令，避免了重新打包部署所带来的重复性测试比对难题以及与之带来的操作失误的可能性。该系统简单易用，安全快捷易于管理，并且部署方便，适合容器云集群的各类微服务业务的自动化注入配置的需求。