本发明公开了一种铁路专用线调车施工安全防护方法，包括以下步骤：S1、获取多条连锁进路的优先等级；S2、依据连锁进路的优先等级对多条连锁进路进行编号，确定连锁进路等级；S3、设置每条连锁进路的进路状态，包括有条件锁止状态或无条件锁止状态；S4、根据施工计划，当对进路进行电路维修时，跳转为有条件锁止状态，当对线路进行维修时，跳转为无条件锁止状态；S5、依据锁止状态发出操作指令，连锁检验继电器动作，线路设备依据操作指令进行动作，对连锁进路连接进行调整。采用施工安全防护装置后，有效杜绝施工期间的的安全防护问题，优选进路设置，可以有效提高施工期间的机车运行效率问题，减少因施工对机车正点出库的影响。