本发明公开了一种林下茯苓、天麻和灵芝连续轮作方法，涉及中药材种植技术领域，其技术方案要点是：选取适合茯苓、天麻和灵芝种植的天然林地；第一年，天然林地林下种植茯苓，茯苓收获后撒生石灰杀灭有害病菌，并添加第一菌组平衡调整土壤质量；第二年，以第一年天麻收获后留下的窖坑种植天麻，天麻收获后撒生石灰杀灭有害病菌，并添加第二菌组平衡调整土壤质量；第三年，将第二年天麻种植的剩余杂木再利用种植灵芝，灵芝收获后撒生石灰杀灭有害病菌，并添加第三菌组平衡调整土壤质量。本发明在几乎不降低产量的情况下，实现了茯苓、天麻和灵芝种植土壤的微生物平衡恢复，能够在天然林地下连续高产种植中药材。