本发明公开了一种淡水水体大型底栖软体动物生态研究采样装置，包括水上操作室和位于水底的采样器，水上操作室位于移动浮岛上，水上操作室和采样器之间通过线缆连接，线缆和采样器之间设置有水下控制盒，水下控制盒底端连接有立杆，采样器内部安装有牵引泵，立杆向下延伸入采样器内，且立杆底端设置有配合牵引泵的泵杆。本发明的有益效果是：本装置通过水上和水下共同工作，方便控制，能够在单次布置过程中重复使用，通过重量检测进行捕捉采样，能够在单次设置中捕捉到数量可观的样品，并通过封板进行封锁防止样品逃脱，同时，通过给氧口等结构的设计，能够保证样品的存活率，从而增加采样效率。