本发明涉及一种地下水质检测方法及系统，其获取设定区域内的各检测井分别在至少两个设定时间段内不同检测时刻的酸碱度序列、总硬度序列和矿化度序列；根据各检测井在各设定时间段的酸碱度序列、总硬度序列和矿化度序列，计算各检测井在各相邻两个设定时间段内的水质评价指标，并确定各检测井的水质评价指标序列；将各检测井的水质评价指标序列输入时间卷积网络中，得到各检测井对应的水质评价预测序列；根据各检测井对应的水质评价预测序列，得到设定区域的水质情况指标，进而确定设定区域的水质污染原因。该方法能够准确预测地下水的水质，同时，还能够准确找到设定区域的水质污染原因，为保护地下水的水质提供指导。