本申请公开了一种复合污染土壤的修复系统及方法，涉及复合污染土壤修复领域。一种复合污染土壤的修复方法包括：对复合污染土壤预处理；根据复合污染土壤的方量进行堆体建设，得到待修复堆体；对待修复堆体进行原位热脱附；向原位热脱附处理后的待修复堆体中添加微生物原料。一种复合土壤的修复系统包括：加热装置，用于对堆体加热；抽提装置，用于对馏分气体抽提；气液分离装置，用于对抽提出的馏分气体进行气液分离；吸附装置，与气液分离装置连接，用于对气液分离后的气体进行吸附；喷淋装置，用于向堆体喷水。本申请能够解决复合污染土壤处理时需要添加药剂，导致土壤结构破坏，影响微生物生存，且存在二次污染的问题。