本发明公开了一种自动噪底计算方法和系统，包括：设置自动分析噪底的基本参数；获取待分析的宽带频谱数据；根据时域平均因子，把得来的宽带频谱数据平均后作为后续的频谱分析样本；逐频段计算噪声带的上沿及下沿；逐频段计算噪声带的上沿与下沿的差值；统计所有频段的差值，挑选出占比最大的值作为整个频段的标准噪声带宽度值δ；逐频段把每一频段噪声带的下沿加上δ的一半，得到所有频段的噪底值，把他们连起来就形成噪底线；根据频域平滑因子，对噪底线做一次频域中值滤波后，得到一条噪底曲线；根据检测门限余度，调制一下噪底曲线高度。本发明既考虑了噪底的上沿，也考虑了噪底的下沿，利用下沿值对噪底计算结果进行修正，提高了精度。