本公开提供一对样品进行光谱测定的方法、系统以及流式细胞仪。在该方法和系统中，采用波分模块将来自光源的所述广谱光束在空间上分离获得具有不同波长段的多个波长分量的波分光束，采用调制模块同时对波分光束的不同波长段的多个波长分量以不同的调制频率进行调制，形成具有多个已调制波长分量的调制波分光束，使多个已调制波长分量中的至少一部分同时照射样品，并且通过吸收光谱模块组对包含样品吸收光谱信息的待解调信号进行解调，或者通过荧光光谱模块组对包含样品荧光信息的待解调信号进行解调。本公开提供了一种紧凑型吸收光谱和/或荧光光谱检测系统，可以同时用多个波长分量照射样品，进而可以快速实时地获得样品的全部的荧光和/或吸收光信息。