本发明提供一种软件运行方法、装置、电子设备及存储介质，该方法应用于目标程序，所述目标程序的第一模块部署于第一设备，所述目标程序的第二模块部署于第二设备，所述第一设备和所述第二设备之间通讯连接；所述方法包括：第一模块获取目标功能执行指令；第一模块根据所述目标功能执行指令得到操作信息；第一模块对所述操作信息进行序列化处理得到序列化数据；第一模块将序列化后的所述操作信息发送至所述第二模块；所述第二模块对序列化数据进行反序列化处理，得到所述操作信息；所述第二模块根据所述操作信息得到处理结果，并将所述处理结果发送至所述第一模块。通过本方法可以提高目标程序的防破解能力，提升目标程序的安全性。