本发明涉及染色体分析技术领域，提出一种染色体图像处理方法及系统，包括以下步骤：获取染色体原始图像和带纹清晰的染色体图像，得到原始图像集和清晰染色体图像集；对图像集进行预处理，并划分为训练集和测试集；构建基于循环对抗生成网络的染色体图像转换模型；将训练集和测试集分别输入染色体图像转换模型中进行训练及测试；获取目标设备或系统历史的染色体原始图像并加入原始图像集中，再对更新后的图像集进行预处理及训练集和测试集的划分；通过更新后的训练集和测试集对染色体图像转换模型进行训练及测试，再将经过训练的染色体图像转换模型搭载在目标设备或系统中，对目标设备或系统实时获取的染色体原始图像转换为带纹清晰的染色体图像。