本发明公开了一种基于EEG的认知功能可视化系统。本发明包括可视化模块、数据计算模块和存储模块。可视化模块主要基于Unity3D平台，用于交互操作和可视化的效果实现，能够通过交互调用数据计算模块、读取本地存储模块内的数据；数据计算模块主要是一些Python文件，用于从存储模块读取数据后执行所需程序，将结果反馈到可视化显示模块以及将数据保存到本地存储模块内；存储模块用于存储数据。本发明使用方便、快速准确，从通道和脑区多个角度展现连通性可视化效果，使用多个功能连通性指标多方面分析大脑功能连通性，研究静态以及动态脑功能连通性的3D变化，从而便于研究人员分析和判断脑认知功能。