本发明公开了一种高效生物菌肥及其制备方法，原料包括工程菌剂、复合肥、硝酸铵钙、红糖、牛粪、松针；制备步骤如下：步骤1)工程菌高密度深层液态发酵；步骤2)发酵好的液态工程菌扩大成固态发酵；步骤3)依次按不同菌剂分为三次固态发酵，步骤4)制备料液B；步骤5)制备生物菌肥。本发明与现有技术相比的优点在于：微生物的多样性及数量，不仅可以降低污染程度，同时还可以提高土壤的肥力；工程菌剂中含有高产抗菌肽酵母菌，抗菌肽不仅可以抗菌，还具有抗肿瘤及铁代谢调节的功能，它具有独特的抗菌机理，不易产生耐药性，分子量小，没有体内残留，减少了农作物中农药残留对人体造成的伤害。