本发明提供一种基于电子病历的作物病害诊断方法及系统，该方法包括：将待测作物的电子病历输入语言模型，得到所述语言模型输出的所述待测作物的电子病历的语义特征；将所述语义特征输入分类模型，得到所述分类模型输出的待测作物的病害类别；其中，所述语言模型和所述分类模型根据样本作物的电子病历和所述样本作物对应的病害类别训练获取。本发明一方面实现电子病历更易获取且不需要依赖于图像拍摄条件和专业的采集设备，可以有效降低病害诊断的成本；另一方面，电子病历中包含与病害相关的丰富特征，且通过语义特征也可以从电子病历中深度挖掘和提取与病害诊断相关的本质特征，有效提高病害诊断的精度。