本发明提供一种基于肝素钠生产的设备及其制备工艺，涉及肝素钠生产的设备及其制备工艺领域。该基于肝素钠生产的设备及其制备工艺，包括搅拌罐，所述搅拌罐的内壁两侧共同转动连接有搅拌轴，所述搅拌轴的轴臂上下两侧均固定连接有多个搅拌杆，所述搅拌轴的两端分别固定连接有第一动力盘和第二动力盘，所述搅拌罐两侧表面的中心处均固定连接有第一安装壳和第二安装壳。本发明能够在肝素钠在生产过程中对其进行正反方向的搅拌处理，使得肝素钠和溶液之间搅拌的更加充分，并且让肝素钠和溶液之间混合更好，从而让生产出的肝素钠使用效果非常理想，间接的提高了肝素钠产品的质量。