本发明提供一种基于弹道跟踪的导弹控制器参数配置方法及系统，根据指数趋近律生成一基于滑模变结构控制的弹道跟踪模型，根据弹道跟踪模型得到导弹控制器参数配置，进而生成滑模变结构导弹控制器，滑模变结构控制器对过载进行补偿控制之后，导弹可以在很短的时间内准确跟踪方案弹道的位置。方案弹道的弹道偏角不断变化后仍能准确跟踪，且最终与方案弹道的弹道偏角之差仅为1.3°。导弹控制器的抖振基本消除，补充过载仅在整个弹道跟踪过程的前四分之一发挥作用。本发明所设计的导弹控制器适用于高速大机动拦截器复杂弹道的准确跟踪，效果良好。