本申请涉及一种光伏逆变系统及其运行控制方法，采用独立的光伏直流电源作为光伏逆变系统的输入，第一单相非隔离双降压逆变电路和第二单相非隔离双降压逆变电路分别对应连接有一光伏直流电源，形成一种非隔离式的光伏逆变系统。单相非隔离双降压逆变电路的输入端与光伏直流电源之间不需要额外的开关器件接入，控制器结合无需死区矢量的电压矢量调制策略，即可使光伏逆变系统维持低漏电流运行状态，有效抑制共模电流的产生。通过上述方案得到的光伏逆变系统，不仅具备非隔离逆变器系统重量和体积小、功率密度和效率高、低成本的优点，还能有效抑制共模电流的产生，保证输出电能的质量和减少电磁干扰的产生，具有较强的工作可靠性。