本发明公开了一种用于单纤QKD系统同步信号传输的方法，包括如下步骤：在Alice端以频率fsig发送量子信号、以频率fsync发送同步信号，当量子信号开始传输时Alice端对传输的同步信号的首位同步信号进行标定处理；Bob端的系统时钟由接收到的频率为fsync的同步信号经倍频后提供；同时对同步信号进行甄别，甄别标定处理的首位同步信号，然后将倍频后的同步信号时钟与当前量子信号对齐从而保证收发端的时钟同步。本发明采用基于同步光的脉冲宽度甄别技术实现用户间的时钟同步，极大的降低了设计复杂度，采用的同步光扫描机制提高了设备在不同公里数传输下的自适应性，同时采用在Bob端对同步信号倍频的方案，降低Alice端对同步信号的频率要求。