本发明属于磁约束聚变加料控制技术领域，具体公开一种超声分子束注入脉冲时序控制系统及方法，该系统包括交互模块、中央处理器、图像显示器、控制板、高压脉冲电源、控制阀、信号反馈模块和数据模型生成器，中央控制器分别与交互模块、图像显示器、控制板以及数据模型生成器连接，控制板与高压脉冲电源连接，高压脉冲电源与控制阀连接，控制阀与目标连接，目标与信号反馈模块连接，信号反馈模块与数据模型生成器连接，该方法包括：人机交互与脉冲数据主动设定步骤，脉冲时序主动控制步骤，脉冲时序实时反馈控制步骤。本发明在输出的实时性方面有的极大提高，能够达到微秒量级的控制精度，并且具有人机交互友好的，以及及时反馈控制等优点。