本发明提供了一种多账号系统下的客户身份认证方法及系统，把同一自然人客户的多种账号转化为客户唯一标识，再使用这个唯一标识做为该自然人客户证书的使用者名称，达到一自然人一证书的目的。CA为客户颁发客户证书前，先通过双重验证，将客户输入的账号转化成客户唯一标识，再使用客户唯一标识作为使用者名称为客户颁发证书。本发明通过先从交易中台验证客户真实身份，将同一客户的多个账号转化成客户唯一标识，再使用客户唯一标识为客户颁发证书，解决了同一客户多账号场景下客户身份认证的问题；减少了CA为客户颁发证书的数量，先验证客户真实身份也避免了在协同认证服务器注册/登陆时二次输入密码问题。