本发明涉及针对汽车电子水泵转子总成的双工位激光焊接系统，包括激光主机、冷水机、烟雾净化器以及主体焊接设备；主体焊接设备包括主机架、焊接系统以及焊接于主机架上端的台板；焊接系统由焊接模组机构、出射头组件、焊接夹具以及翻转机构所构成；台板上前部设有可旋转的变位机台，焊接夹具设有两个且分别对应位于变位机台上的左右两侧；焊接模组机构安装于台板上后部，出射头组件、翻转机构均安装于焊接模组机构上。本发明设置了上下料工位以及焊接工位，从而缩短了人工上料装夹的时间间隔，提高了焊接效率；并且在焊接时，完成对转子总成焊接端面的自动翻转转换，操控十分便捷。此外，整个激光焊接过程人工参与量相对较少，相对比较省力。