本发明公开了一种玉米育种脱粒装置，包括由上至下设置的物料传输箱、脱粒箱以及多层筛分板，物料传输箱一端顶部设置进料仓，另一端底部设置与脱粒箱连通的出料口，物料传输箱内设置多组螺旋输料杆，脱粒箱内设置多个脱粒辊轴，脱粒箱底部设置出粒板，脱粒箱远离物料传输箱出料口的一端设置芯料出料口，多层筛分板位于出粒板下方，多层筛分板一侧还设置风机组件，本发明通过物料传输箱能够对进入的玉米物料进行传送，脱粒箱能够对物料进行边脱粒边向芯料出料口传送，脱粒出来的玉米粒经过两次振动筛筛选，同时通过风机组件可以将玉米粒掉落过程中伴随的杂料吹出振动筛区域，进行三次筛选，本方案结构合适，使用方便，能够有效提供工作效率。