本发明公开了一种天然来源腐殖酸螯合钙肥，包括以下质量份的原料：鸡蛋壳4‑6份、骨粉4‑6份、醋液13‑17份、天然硼砂1‑3份、黄腐酸2‑4份、黄腐酸钾1‑3份、黄原胶0.8‑1.2份；还公开了该天然来源腐殖酸螯合钙肥的制备方法和应用。本天然来源腐殖酸螯合钙肥易被作物吸收，而且竹醋中含有微量元素、能够促进植物生长，还能提高植物抗病性，并具有一定的杀菌效果，黄腐酸和微量元素发生螯合反应，生成溶解性好可被植物吸收的腐殖酸微量元素螯合物，有利于根系和叶面吸收。可以作为生态有机农业上使用的投入物质，原料来自天然来源，蛋壳和骨粉作为有机废弃物得到循环利用。