本发明提供了开发养殖场动物粪便中微生物并将其应用于实践的一系列研究工艺。具体来说是以动物粪便为原料，应用现代生物技术，对动物粪便中的微生物进行筛选，筛选出降解菌群扩大培养，然后作为发酵菌剂用于畜禽粪便的发酵，发酵产物做生物有机肥料，清除氨氮异味，减少粪便对圈舍和周围环境空气的污染；同时，可筛选健康动物粪便中的菌群作为发酵菌剂对家禽粪便进行发酵，发酵产物做动物有机饲料，提高粪便中有机物的利用率，避免资源浪费；另外，对健康动物粪便中的优势菌群进行富集，可制作出用于调整动物肠道菌群的口服或灌肠益生菌制剂，为动物肠道补充有益菌，即进行健康动物肠道菌群移植，从而提高动物的免疫力，助力无抗健康养殖。