一种适用于小功率控制器的控制系统及其控制算法，属于车载电源技术领域，本发明为解决现有车载电源空载损耗较大的问题。它包括：脉冲频率调制控制器的脉冲频率信号输出端连接全桥电路的脉冲频率信号输入端，脉宽调制控制器的脉宽信号输出端连接全桥电路的脉宽信号输入端，全桥电路的采样信号输出端连接检测模块的采样信号输入端，检测模块的两个控制信号输出端口分别连接脉冲频率调制控制器和脉宽调制控制器的控制信号输入端口；轻载时，检测模块控制脉冲频率调制控制器工作，控制脉宽调制控制器关闭；关闭时，检测模块控制脉宽调制控制器工作，控制脉冲频率调制控制器关闭。本发明用于车载电源。