一种利用燃料电池余热的复合吸收式制冷系统，其特征在于：包括燃料电池模块和吸收制冷循环模块，所述吸收制冷循环模块包括依次连接形成循环的制冷剂再生装置、制冷剂蒸发装置和制冷剂吸收装置，所述燃料电池模块产生的废热传递给所述制冷剂再生装置后从吸收剂中再生出制冷剂，再生出的制冷剂进入所述制冷剂蒸发装置向外输出冷量后进入所述制冷剂吸收装置，在制冷剂吸收装置中，制冷剂被吸收剂所吸收，然后回到制冷剂再生装置形成循环。本发明利用氢气和空气的电化学反应驱动，既能通过高温质子交换膜燃料电池产生电能，又能利用燃料电池废热制冷。